除托馬斯外，大法官塞繆爾·阿利托（Samuel Alito）和尼爾·戈薩奇（Neil Gorsuch）也反對駁回相關案件，其他的大法官投了贊成票。
托馬斯法官在反對意見書中說：“一個缺乏清晰規定的選舉系統會令選民不清楚應該遵從誰的規定；更糟糕的是，當出現多個選舉規定時，參選人可能會根據不同的選舉系統宣佈自己獲勝。 ”
他以賓州案爲例表示，最高法院拒絕審理賓州案，是由於他們認爲賓州高等法院做出的不足以影響美國大選的結果，和賓州大選的結果，因此以“提訴意義不大，無關大局“爲由拒絕審理這一案，但是，最高法院拒絕審理此案的決定是“令人難以理解的”。因爲，爲了對美國以後的大選負責，最高法院應該就各州非立法官員的行政官員是否有權制定大選規定做出裁決。
他寫道：“如果州政府官員有他們聲稱的、修改選舉法的權利，我們需要澄清這一點；如果他們沒有這種權利，我們也要這種行爲產生災難性的後果發生前制止這種行爲。”
托馬斯還說，“關於2020大選的的很多案件似乎只提訴了不恰當地修改選舉規則的行爲，而非舞弊現象；但是這種觀察結果並不足以讓人安心。只是認爲此次大選缺乏強大的、證實大選舞弊的證據並不足以恢複選民對大選的信心，選民仍然需要被確保大選中的舞弊現象沒有被遺漏。 ”
他還特別以賓州作爲例子，指出2020大選中幾個州存在的違憲問題：
“美國憲法授予了各州議會決定如何本州舉行聯邦大選的權力，然而在2020年大選前後，數個州的非立法官員自行設立了相關規定，其結果是最高法院收到了非同尋常數量的、挑戰這些決定的訴狀和緊急處理申請，而賓州案就是其中的一個明顯例證。
“在大選期間修改大選規定本身就很糟糕，更何況修改這些規定的人是並沒有權利這樣做的行政官員。
“賓州議會的規定明確要求接收郵寄選票的最後日期爲大選日晚8時；但是在賓州行政官員對此表示不滿後，賓州最高法院下令將最後日期延長了三天，還下令該州的選舉官員根據新最後日期計讀選票，哪怕沒有證據例如郵戳顯示那些選票是大選日寄出的。這個修改規定的決定似乎隻影響了很少一部分選票，以至於不足以影響任何聯邦大選的選舉結果，但是未來可能就不是這麼簡單的事情了。其實賓州最高法院的一個獨立的決定可能就已經改變了大選的結果。”
托馬斯是老布什總統提名的一位非裔大法官，他在2020年1月6日曾經在推特上留言道：“熱愛那些推動令美國再次偉大運動的人們！” 而他的夫人也曾經在推特上留言道：“上帝保佑每一位站出來和每一位祈禱的人！”
