在台灣問題上，公報僅有寥寥4句，簡單提到「一個中國原則和九二共識」、「反台獨」、「反外部勢力干涉」及「牢牢把握兩岸關係主導權和主動權」。
但對比而言，在香港問題上，公報就大大自我吹噓了一番，稱黨中央採取一系列標本兼治的舉措，推動香港實現「由亂到治」的重大轉變等等。
美國政論人士魏京生對自由亞洲電台分析指，公報在香港問題上為中共的暴力鎮壓大肆吹捧，認定鐵腕手段控制下了香港，而香港可以吹噓，但對台灣只能用上套話和虛話，一筆帶過，甚至習近平可能因為台灣與外交問題在六中全會上遭遇批評。
對於公報稱要「牢牢把握兩岸關係主導權和主動權」，魏京生說，中共其實就是走夜路吹口哨——自己給自己壯膽，「現在主導權反而放在了美國和台灣的手裡面。美國和台灣現在動作很頻繁，就是要挑戰你的主導，看你敢不敢主導？」
台灣陸委會11日對中共六中全會公報作出回應指，六中全會是中國共產黨內部政治議程及事務，公報沒有反思過去執政錯誤，卻刻意突出領導人權威，是要為明年二十大連任鋪排正當性。
陸委會表示，中共藉內部重要會議，重申所謂的「反獨促統」老調，以及不被台灣人民認同的政治主張，台灣反對且不懼怕北京的恫嚇，堅定捍衛國家主權與民主自由，絕不會接受其設定的政治框架及未來發展路徑。
