臺灣鐵路“太魯閣號”2日發生出軌重大傷亡事故，日本交通大臣赤羽一嘉今天（6日）表示，臺灣方面若請求相關協助，日方將討論可提供的援助，並願對整頓鐵路整體安全制度提供日方的建議。日本首相菅義偉5日對事故傷亡者致上深切哀悼及慰問，並表示此不幸事件讓他立即聯想起10年前的日本311東北大地震。
日本首相菅義偉在2日臺鐵事故發生當天便立刻透過推特表達遺憾和關心。產經新聞報導，菅義偉在昨天（5日）出席參議院決算委員會時，再次對臺灣東部花蓮發生的出軌事故“向亡者致上真心哀悼，也向傷者表達慰問之意”。
菅義偉也提到，一聽說這次出軌意外，讓他不禁聯想到日本10年前311大地震的震災現場。日本在2011年3月11日發生規模9.0的大地震（日本稱東日本大震災）時，臺灣曾提供高達68億臺幣（約2.3億美元）的捐款及許多物資的援助，日方至今仍一直感念臺灣當初伸出溫暖的援手，臺日兩國患難見真情的友誼也從此更加穩固。
日本政府發言人、內閣官房長官加藤勝信也說，只要臺灣提出相關需求，日本政府會儘可能提供協助。
日本產經新聞指出，日本國土交通省與臺灣交通部自2013 年起就有業務人員之間的交流，包括調查意外事故的方法、鐵路安全管理等議題上交換資訊。
臺灣鐵路局太魯閣自強號列車（簡稱太魯閣號）是行駛於臺灣東部花蓮、臺東的特快列車。在本月2日上午駛入花蓮“清水隧道”前，撞擊從20米高的山邊滑落在鐵軌上的工程車，導致列車出軌，車廂嚴重變形，造成50死、200人輕重傷的重大事故，也是臺灣鐵路局自1950年創建70年來最慘痛的傷亡事故。
目前已知，涉嫌操作工程車不當的承包商李義祥4日晚間被花蓮地方法院裁定羈押禁見。
