國安公署地位超然 如明代錦衣衛
港版國安法條文列明，北京中央政府在港設立駐港國家安全公署（國安公署），人員由中央政府有關機關聯合派出，經費由中央財政保障。職責包括：（一）分析研判香港維護國家安全形勢，就重大戰略和重要政策提意見；（二）監督丶指導丶協調丶支持香港履行國安職責；（三）收集分析國安情報；四）依法辦理危害國安的案件。
國安公署有超然地位，第50條雖然指公署要“依法接受國家監察機關的監督”，但沒有着墨要接受哪個機關監督丶如何監督及相關機制，該條指公署“須遵守全國性法律”，但只是“應當”遵守香港特別行政區法律，引起外界憂慮。
此外，公署在港享有多項特權。第60條及第61條列明，國安公署享有香港法律規定的其他權利和豁免，執行職務時不受特區政府管轄，其人員及車輛不受香港執法人員檢查丶搜查和扣押。公署履行職責時，特區政府部門須提供“必要的便利和配合”，妨礙有關執行職務的行爲會被制止及追究。
根據此法，公署在三種情況下可以對香港國安案件行使管轄權，包括：（一）案件涉及外國勢力介入，香港管轄有困難；（二）港府無法執行《國安法》的嚴重情況；（三）出現國安面臨重大現實威脅的情況。國安公署對有關案件行使管轄權後，立案偵查、審查起訴、審判和刑罰的執行等訴訟程序適用中共《刑事訴訟法》相關法律規定。駐港國安公署負責立案偵查，最高檢察院指定有關檢察機關行使檢察權，最高法院指定有關法院行使審判權。
BBC援引多位分析人士指出，這項條文一旦使用，就凌駕香港執法、司法機關。
香港大律師公會主席戴啓思質疑，條文中的“重大威脅”到底是誰來定義和誰來作出決定，如果沒有清楚的細節，會被視作用作政治目的。他擔心，有關條文等同讓當局可以以行政決定，就決定是否把在香港抓的嫌犯移交到中國大陸。
中國問題專家章天亮博士形容，國安公署就是中共在香港設置的一個特務機構，“相當於明代的錦衣衛、東廠、西厰，可以繞過執法機構，由錦衣衛直接執法，任意抓捕他們認爲妨礙到自己利益的人，對他們進行酷刑折磨，甚至把人打死。現在中共在香港設置國安公署，就與當時設置錦衣衛一模一樣，可以不受香港的任何政府和司法制約，可以直接抓人，這是最新公佈的國安法內容細節的一個更狠的毒招。”
國安委不受司法複覈
根據港版國安法，香港政府要成立維護國家安全委員會（國安委），由行政長官擔任主席，成員包括政務司長丶財政司長丶律政司長丶保安局局長及警務處處長等，要接受中央的監督和問責。國家安全事務顧問則由中央政府指派，就香港國安委履行職責相關事務提供意見，國安事務顧問列席香港國安委會議。
其職責包括：分析丶研判香港維護國家安全形勢，規劃有關工作，制定香港維護國家安全政策；推進香港維護國家安全的法律制度和執行機制建設；協調香港維護國家安全的重點工作和重大行動。
第14條規定國安委的工作“不受香港任何其他機構丶組織和個人的干涉”，工作信息不予公開，由國安委作出的決定不受司法複覈。
港大學者張達明對BBC表示，這等同說明香港立法會、申訴專員公署、法院均不能夠監察委員會的運作， 這有悖於法治社會中一貫要求公權者受獨立法院監管的精神。而這個委員會的開支由行政長官直接批准，同樣不受立法會審批，亦偏離了公共財政由立法會批准的慣例。
喬治·華盛頓大學中國法教授郭丹青（Donald Clarke）在推特上指出，《國安法》中載明的罪行並非問題關鍵，“那些定義可以按需要而延展”，更爲關鍵的是該法設立的機構組織，及它們被賦予的權力。
