1月13日，美國國務院將穆斯林兄弟會的黎巴嫩、約旦和埃及分部列為外國恐怖組織。這些認定是支持川普 11 月份行政命令的第一步，該命令旨在消除對美國及其盟友構成安全威脅的該組織分支機構。該組織領導人穆罕默德·法齊·塔科什也被列為特別指定的全球恐怖分子。
美國財政部還將埃及穆斯林兄弟會和約旦穆斯林兄弟會列為特別指定的全球恐怖組織，理由是它們向哈馬斯恐怖組織提供物質支持。
國務卿馬可·盧比奧在1月13日的一份聲明中表示，“這些認定反映了美國持續不斷地努力阻止穆斯林兄弟會分支機構在任何地方實施暴力和破壞穩定的行動的開端”，“美國將動用一切可用手段，剝奪這些穆斯林兄弟會分支機構參與或支持恐怖主義的資源。”
美國國務院將黎巴嫩分支認定為外國恐怖組織，這是最嚴厲的指控，這意味着向該組織提供支持屬於刑事犯罪。
美國財政部將約旦和埃及分支機構列為特別指定的全球恐怖組織，因為它們向哈馬斯提供支持。
財政部負責恐怖主義和金融情報的副部長約翰·赫爾利在一份聲明中表示，“穆斯林兄弟會啟發、扶植和資助了哈馬斯等恐怖組織，這些組織對美國人民及其盟友的安全構成直接威脅。”
2023年10月7日，哈馬斯在以色列發動襲擊後，黎巴嫩穆斯林兄弟會（又稱伊斯蘭聯盟）重新激活了其“黎明部隊”，並與哈馬斯和真主黨恐怖組織協調，從黎巴嫩向以色列北部發射火箭彈。
據美國國務院稱，2024年3月，以色列國防軍對正在策劃對以色列發動恐怖襲擊的黎巴嫩武裝分子發動了襲擊。
2025年7月，黎巴嫩軍隊搗毀了一個由黎巴嫩穆斯林兄弟會和哈馬斯武裝人員使用的秘密軍事訓練營。在塔科什的領導下，穆斯林兄弟會一直致力於與真主黨和哈馬斯建立更正式的夥伴關係。
據美國國務院稱，哈馬斯成立於 1988 年，自稱是穆斯林兄弟會在巴勒斯坦地區的支部，自 2001 年以來被指定為特別指定的全球恐怖組織。
據外交關係委員會稱，穆斯林兄弟會於 20 世紀 20 年代在埃及成立，是世界上最具影響力的伊斯蘭組織之一，它將宗教教義與政治活動和社會福利計畫相結合。
川普在其第一任期內曾考慮將該組織列為恐怖組織，這一想法得到了美國眾議院國家安全委員會共和黨人的支持。今年，佛羅里達州和德克薩斯州已將該組織列為恐怖組織。
埃及、沙特阿拉伯、阿拉伯聯合酋長國和巴林也已將穆斯林兄弟會列為恐怖組織。
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