據《華爾街日報》5月17日透露，熟悉美國初步評估事故原因的人士表示，對從受損的黑匣子中提取的數據分析後顯示，飛機的失事系駕駛艙內有人故意向控制系統輸入指令，使飛機進入致命的俯衝狀態，從而導致飛機墜毀。這表明“這架飛機當時按照駕駛艙內某人的指示行事”，也就是說，駕駛艙內可能有人故意撞毀了這架飛機。
報導說，領導調查的中國當局到目前為止仍未發現失事飛機有機械或飛行控制問題。該機型一直是全球航空業的主力，在商業飛行中有較好的安全記錄。
消息人士說，迄今為止，在東航事故調查中收集到的信息促使美國調查人員將注意力轉向某一位駕駛員的行為，不過，也有可能是其他人闖入駕駛艙所為。而且，波音和航空安全監管機構還沒有就這一次墜機事件發布服務公告或安全指令。
中國東方航空在給《華爾街日報》的聲明中表示，沒有任何證據可以證明，事故飛機是否存在問題。東航表示，“任何非官方猜測都可能幹擾事故調查，影響全球航空運輸業的實際進展。”
今年4月，行業刊物《力漢新聞與分析》（Leeham News and Analysis）報導稱，飛行數據記錄器的初步讀數分析顯示，飛行員故意向控制裝置輸入了指令。
在3月25日新聞發布會上，當被問及是否有可能有人侵入駕駛艙時，東航表示，這種情況不太可能發生，因為飛機墜毀前沒有發送過緊急代碼。而且，機組人員與空管人員之間的通訊也沒有顯示飛機降落前有任何異常。
3月21日，東方航空公司波音737-800在執行MU5735航班飛行任務在高空飛行時，突然陷入近乎垂直的下降狀態，以極快的速度撞入山中。飛機撞到山上後解體，碎片散落在樹林繁茂和崎嶇不平的地區。搜救隊沒有發現任何倖存者。
事故發生後，曾在中國執飛的高飛和幾位飛行師分析認為，失事航班上的飛行人員配置存在以下重大疑點：
一、第一副駕駛張正平曾是中國飛行界“元老”，是“五星機長”。而該機配置的正駕駛，按中國飛行公司的倫理，充其量不過是張正平的徒弟輩份，甚至可能是徒孫輩份，而“祖師爺”級別的張正平卻是副駕駛，這一點有悖常理。
二、張正平是“局方委任檢查員”，這是航空公司除管理層外的最高級別，該職位高於一般檢查員，符合“功勛飛行員”身份。如今張正平後來被降職為副駕，從待遇上幾乎一抹到底。因此，他很可能內心會有情緒，而這一點就是重要安全隱患，可能影響其注意力和反應能力。
三、張正平是原雲南航空公司的資深機師，合併到東航後，包括張正平在內的原雲南航空員工與東航總部有著很複雜的矛盾，不僅僅是個人恩怨。
