在台湾问题上，公报仅有寥寥4句，简单提到「一个中国原则和九二共识」、「反台独」、「反外部势力干涉」及「牢牢把握两岸关系主导权和主动权」。
但对比而言，在香港问题上，公报就大大自我吹嘘了一番，称党中央采取一系列标本兼治的举措，推动香港实现「由乱到治」的重大转变等等。
美国政论人士魏京生对自由亚洲电台分析指，公报在香港问题上为中共的暴力镇压大肆吹捧，认定铁腕手段控制下了香港，而香港可以吹嘘，但对台湾只能用上套话和虚话，一笔带过，甚至习近平可能因为台湾与外交问题在六中全会上遭遇批评。
对于公报称要「牢牢把握两岸关系主导权和主动权」，魏京生说，中共其实就是走夜路吹口哨——自己给自己壮胆，「现在主导权反而放在了美国和台湾的手里面。美国和台湾现在动作很频繁，就是要挑战你的主导，看你敢不敢主导？」
台湾陆委会11日对中共六中全会公报作出回应指，六中全会是中国共产党内部政治议程及事务，公报没有反思过去执政错误，却刻意突出领导人权威，是要为明年二十大连任铺排正当性。
陆委会表示，中共藉内部重要会议，重申所谓的「反独促统」老调，以及不被台湾人民认同的政治主张，台湾反对且不惧怕北京的恫吓，坚定捍卫国家主权与民主自由，绝不会接受其设定的政治框架及未来发展路径。
